Para comenzar, el relato trata sobre una sociedad futura —acaso la ciudad de Buenos Aires en un futuro próximo: 2004, 15 años después de la caída del Muro de Berlín, se dice en la novela (129)— que vive en amenaza constante, debido a un Estado que mantiene una vigilancia y un control extremos sobre sus ciudadanos. En ese mundo, existe una máquina generadora de ficciones literarias: un artefacto híbrido fabricado a partir de la unión de una mujer llamada Elena con partes electromecánicas y electrónicas. Aunque controlado de inicio por el gobierno, dicho dispositivo se sale de su control y crea después relatos que cuestionan las versiones oficiales, en un intento para que los ciudadanos conozcan la verdad oculta y recuperen la memoria perdida, debido a las manipulaciones del Estado. Y esa confrontación entre la narrativa oficial y las ficciones de la máquina a lo largo de la novela da paso a cierta ambigüedad propia de lo fantástico, pues la realidad y lo ficcional en el relato se confunden: lo real puede ser una ficción o lo ficticio, una verdad.
En este escenario distópico Junior, un periodista que trabaja para el diario El Mundo, se dedica a investigar el misterioso caso de la máquina narradora: por qué el poder desea desactivarla y la ha resguardado en el Museo. Para develar el secreto, muy en la línea del relato policial, el protagonista se dedica a recopilar información sobre ella, incluidos sus múltiples relatos, lo cual va a llevarlo hacia un viaje, en apariencia interminable, por numerosas pistas en forma de relatos y grabaciones que lo ayudarán a descubrir el sentido y la finalidad de ese invento.
La novela se divide en cuatro capítulos: I. El encuentro, II. El museo, III. Pájaros mecánicos y IV. En la orilla. Cada uno muestra un espacio diferente de la ciudad al que debe trasladarse Junior en su intento por descubrir el secreto de la mujer-máquina. Y en cada uno de ellos se tejen multitud de historias que han de integrarse en la narración en forma de metarrelatos donde, a su vez, pueden inscribirse otras historias, por lo cual tenemos una disposición de mise en abyme. En líneas generales, La ciudad ausente presenta una estructura más o menos lineal, centrada en la investigación de Junior, aunque la trama se fragmenta posteriormente en múltiples relatos y niveles metadiegéticos, conformando una red de ficciones en torno a varios núcleos narrativos. Al respecto Adán Medellín comenta que «La ciudad ausente juguetea con los recursos conspirativos y apocalípticos de la sci-fi, pero es ante todo un montaje de una teoría narrativa puesta en marcha dentro de un relato, un ensamblado de variantes fragmentarias que reproducen y confirman el corazón técnico de su anécdota, metaliteratura con el sello pigliano» (27).
Ahora bien, ya el título mismo de la novela remarca una carencia espacial: la ciudad ausente, acaso una referencia a la ciudad de Buenos Aires, un lugar que parece no existir en ese mundo ficcional, porque resulta quizá un mundo posible más, una proyección imaginaria del Estado cercana a su ideología; o acaso un mundo imposible y utópico de la ciencia ficción especulativa, generado por la máquina narradora. Este hecho le proporciona ese toque fantástico al relato al grado de cuestionarnos la existencia del propio Junior quien podría ser parte de alguna historia producida o replicada por el mecanismo, tal como sucede en su visita al Museo.
En las descripciones del espacio urbano de la novela, el autor centra de inicio su atención en el control directo que ejerce el Estado sobre sus habitantes con el fin de evitar la propagación de los relatos de la máquina. Prácticamente, toda la ciudad está llena de policías y patrullas, así como de videocámaras y grabadoras para vigilar y detectar las actividades subversivas. Después de salir del Museo y recibir la historia de «Los nudos blancos», Junior reflexiona: «Una historia explosiva, las ramificaciones paranoicas de la vida en la ciudad. Por eso hay tanto control, pensó Junior, están tratando de borrar lo que se graba en la calle. La luz que brilla como un flash sobre las caras lívidas de los inocentes en la foto de los prontuarios policiales» (La ciudad ausente 59). Más adelante en el capítulo III, señala: «Las patrullas controlaban la ciudad y había que estar muy atento para mantenerse conectado y seguir los acontecimientos. Los controles eran continuos […] Estaba prohibido buscar información clandestina» (79).
El texto enfatiza la idea de una ciudad sitiada, a partir de la reiteración de series predicativas como «[s]ólo las luces de la ciudad siempre encendidas mostraban que había una amenaza. Todos parecían vivir en mundos paralelos sin conexión» (13) o «Todo era normal y a la vez el peligro se percibía en el aire, un leve murmullo de alarma, como si la ciudad estuviera a punto de ser bombardeada» (45). En suma, una ciudad paranoica al borde del apocalipsis muy al estilo de ciertas novelas o películas ciencia ficcionales.
El influjo de la máquina de Macedonio es tal que impacta la configuración misma de la ciudad. Todo indica que esta urbe futurista se edifica a partir del entramado de ficciones-simulacros creados por ese artefacto, en una forma muy semejante a lo sucedido con los mundos virtuales generados en la cinta Matrix e incluso en el proyectado en La invención de Morel. Al revisar en su casa todas las pistas disponibles en torno a la máquina, se dice que Junior «[e]ntraba y salía de los relatos, se movía por la ciudad, buscaba orientarse en esa trama de esperas y de postergaciones de la que ya no podía salir. Era difícil creer lo que estaba viendo, pero encontraba los efectos en la realidad. Parecía una red, como el mapa de un subte. Viajó de un lado al otro, cruzando las historias, y se movió en varios registros a la vez» (78-79).